Foreningens bestyrelse virker som talsmand for medlemmerne i nationale og internationale spørgsmål, der har relation til deres virksomhed.

Foreningen ledes af en bestyrelse på 4 medlemmer, hvoraf 2 er fra de zoologiske haver og 2 er fra akvarierne. Valget gælder for 4 år. Bestyrelsen vælger selv sin formand og næstformand. Som formand kan kun vælges en repræsentant fra en statstilskudsberettiget zoologisk have. Som næstformand vælges en repræsentant fra et offentligt akvarium.

Bestyrelsen for DAZA er følgende:

Formand:
Direktør Richard Østerballe, Givskud Zoo

Næstformand:
Direktør Jesper Horsted, Danmarks Akvarium

Bestyrelsesmedlemmer:
Direktør Henrik Herold, Randers Regnskov
Akvariechef Erik Hofmeister, AQUA Ferskvands Akvarium
Direktør Henrik Lehmann Andersen, Odense Zoo