Zoologisk Haves bestyrelse har den overordnede ledelse af Zoo og fastsætter retningslinier for Havens drift. Bestyrelsen drager omsorg for, at Haven opfylder de betingelser, der til enhver tid måtte stilles, for at Haven kan opnå offentlig støtte i henhold til lovgivningen om statstilskud m.v. til zoologiske haver.

Bestyrelsen skal tilstræbe, at Haven til enhver tid har en tilfredsstillende standard og et økonomisk grundlag, der gør det muligt at opretholde den.

Følgende institutioner og offentlige myndigheder udpeger bestyrelsesmedlemmer:

Københavns Universitet  1 medlem
Københavns Kommune  1 medlem
Frederiksberg Kommune 1 medlem
Zoos medarbejdere  1 medlem

Herudover supplerer bestyrelsen sig med 2 medlemmer, hvoraf det ene skal have byggeteknisk indsigt og det andet forretningsmæssig indsigt. Bestyrelsen kan endvidere udpege yderligere 1-3 medlemmer.

Bestyrelsens sammensætning januar 2013:

Janne Glæsel, advokat, formand  
Kurt Bligaard Pedersen, næstformand
Eske Willerslev, professor, Københavns Universitet
Peter Nymann-Jørgensen, adm. direktør, Skanska A/S
Jørgen A. Horwitz, direktør, Finansrådet
Jørgen Glenthøj, borgmester, Frederiksberg Kommune
Jan Salling Kristensen, projektchef, Københavns Kommune
Lene Vestergren Rasmussen, dyrepasser,  medarbejderrepræsentant, Zoo